CEA是大腸直腸癌腫瘤標記，可以應用在預後、評估治療效果、辨識胃腸腺癌復發。

CEA上升於(>5.0 ng/mL)：45%肺癌，37%非小細胞肺癌，66%小腸，43%結腸直腸癌(早期10%)，35%胰臟癌，33%食道癌，17%胃癌(末期50%)，42%子宮頸癌(局部9%)，27%子宮癌，18%乳癌，膀胱癌33%，10%尿道癌，20%甲狀腺髓狀癌，10%肝癌。

CEA也上升於下列良性疾病：4%結腸直腸息肉，3-5%各種良性腫瘤及疾病，酗酒、肺氣腫、胃潰瘍、結腸炎，肝硬化、膽道阻塞、胰臟炎也有可能數值超過5.0 ng/mL。

PSA是存在於前列腺表皮細胞的醣蛋白，當腫瘤加速代謝速度時，PSA血清濃度上升，使用在前列腺癌篩檢與治療的指標。PSA比酸性磷酸酶穩定，也沒有晝夜濃度的變化。

良性的前列腺肥大，PSA上升，57%的數據小於4.0 ng/mL，29%界於4-10 ng/mL，14%界於10-40 ng/mL。在前列腺發炎時，13%界於4-10 ng/mL，6%界於10-30 ng/mL。前列腺癌初次診斷時，只有50%的超過10 ng/mL，如果轉移到骨骼時，68%會高於100 ng/mL。

Prostate specific antigen，PSA是由攝護腺上皮細胞所分泌的醣蛋白(glycoprotein), 正常值上限為4.0 ng/mL。主要功能在使精液液化, 它以兩種形式存在於血清中，即游離型（F-PSA）及結合型PSA。結合型PSA主要由肝臟代謝，游離型PSA可經由腎臟排出體外
由於前列腺腫瘤之病人其α1- Antichymotrypsin 之產量會增加，使形成 Bound form 之機率上升，相對的Free form 就下降；因此前列腺腫瘤病患其Percent Free PSA 值較正常人低。
國家衛生院依照美國癌症學會建議，50歲以上男性每年接受例行性肛門指診及PSA檢查，若有一項不正常可考慮經直腸超音波引導切片檢查，40歲以上有攝護腺癌家族史的男性及非裔美國黑人也應接受例行篩檢。若 PSA介於4–10 ng/mL，立即檢驗游離PSA，若游離PSA 小於25%則需安排經直腸超音波及切片，若PSA大於10 ng/mL，亦需立即安排經直腸超音波及切片。
良性攝護腺肥大患者血清中游離PSA的比例明顯高於攝護腺癌患者。比較free PSA濃度與total PSA濃度來決定free PSA的比例或百分比已被用來作為改善區別良性攝護腺肥大及攝護腺癌的方法，尤其是對於血清total PSA數值介於中間的男性。因此對於Total PSA值落在4-10 ng/mL的病患，測定其Percent Free PSA，依本院統計，若Percent Free PSA＞18%則表示為良性，不需做Biopsy。若Percent Free PSA＜18%則表示可能為惡性，需做Biopsy確認，如此可減少侵入性檢查及醫療費用。

CA 125是一種正常存在輸卵管、子宮內膜及子宮頸內的細胞表面醣蛋白。可作為卵巢癌偵測與治療監控指標，數值反應腫瘤大小之變化。

上升於100 % serous卵巢癌，44.7 %胃腸道癌，62 %肝癌，59 %肺癌，27 %乳癌轉移，27 %子宮內膜組織異位，15 %良性卵巢疾病，與月經週期可能有關的腫瘤標記有CA125、CA19-9、CA72-4，都是在月經初始時，可能上升三倍。

此分析可與CA 125數值計算出ROMA值，用來作為監測卵巢上皮細胞癌患者的復發或疾病進展。連續測定病患的HE4 檢測值可與其他臨床方法共同使用來監測卵巢癌。針對停經期前後長有子宮附屬器腫塊且須進行手術切除的婦女，可使用此法來估算未來罹患卵巢上皮細胞癌之風險。
卵巢惡性腫瘤風險評估因子(risk of ovarian malignancy algorithm, ROMA)
(1)停經期前的病患
ROMA值>=7.4%有罹患卵巢上皮細胞癌的高風險
ROMA值< 7.4%有罹患卵巢上皮細胞癌的低風險 (2)停經期後的病患 ROMA值>=25.3%有罹患卵巢上皮細胞癌的高風險
ROMA值< 25.3%有罹患卵巢上皮細胞癌的低風險

乳癌轉移與治療之指標，濃度變化超過25%，代表治療或再發有意義的變化。對於局限性、早期再復發的乳癌敏感度不足。

上升於68%乳癌，28%肝癌，70%肺癌，70%胰臟癌，44%直腸癌，50%攝護腺癌，50%卵巢癌，懷孕，哺乳，3%良性乳房腫瘤，SLE，肝炎，12%硬化，結核病。

婦科，呼吸道，消化道鱗狀細胞癌腫瘤標幟，亦名TA-4。上升於肺部的25%鱗狀細胞癌，子宮的52%鱗狀細胞癌，子宮頸的61%鱗狀細胞癌。良性疾病：上升於10%肝硬化、慢性腎衰竭、牛皮癬。

CA 19-9是胃腸、肝膽系統腺癌出現的醣蛋白，上升於75%胰臟癌，44%肝癌，64 %膽管癌，90 %膽囊癌，43 %胃癌，36 %食道癌，34 %肺癌，26 %大腸直腸癌，27 %乳癌，33 %子宮內膜癌，25 %膀胱癌，86 %睾丸精細胞瘤，24 %胰臟炎，12 %慢性肝炎，12 %肝硬化，60 %膽道阻塞，文獻提到肺結核，氣喘等肺部疾病陽性率不低。

與月經週期可能有關的腫瘤標記有CA125、CA19-9、CA72-4，都是在月經初始時，可能上升三倍。

腫瘤相關醣蛋白-72，為人類乳癌轉移的細胞膜抗原，其中有重複的寡糖結構稱為CA 72-4。

CA 72-4在很多種表皮細胞的惡性腫瘤都可出現，包括大腸、直腸、胃、胰臟、卵巢、和乳房，因為它反映疾病的嚴重性，所以主要目的是在手術後偵測治療效果。

上升於59%胃癌，32%大腸癌，40%大腸直腸癌，14%肝細胞癌，52%膽囊癌，22%胰臟癌，21%乳癌，23%子宮癌，50%卵巢癌，5%大腸直腸息肉，9%良性甲狀腺疾病，10%心臟血管疾病，11%胃腸發炎，8%膽結石，8%胰臟炎，文獻提到膽道阻塞者有60%上升，與月經週期可能有關的腫瘤標記有CA125、CA19-9、CA72-4，都是在月經初始時，可能上升三倍。

NSE是神經及神經內分泌細胞的糖解酵素，使用作一個腫瘤標記，來觀察破壞神經內分泌細胞的疾病，可作為病情、治療偵測，對於神經母細胞瘤數據高低反應結局。

上升於87 %小細胞肺癌(SCLC，NSE >35ng/mL)，10 %非小細胞肺癌，48%惡性黑色素瘤，20%胃、腸、乳、攝護腺癌，以及甲狀腺髓質癌、嗜鉻細胞瘤。NSE也上升於一些良性疾病，概率約在10%，如脂肪肝、慢性肝炎、肝硬化、肺炎。腦出血時NSE高峰在出血後1-3天，超過20 ng/mL。心臟引起的昏迷，從第0天到第5天，NSE持續上升，超過33 ng/mL，預測持續的昏迷。

非小細胞肺癌NSCLC，Non-small Cell Lung Cancer，診斷及治療腫瘤指標。

上升於90 %非小細胞肺癌，71 %表皮樣癌，42 %腺癌，19 %小細胞肺癌。當其它癌症轉移時，也有很高的比率，可以觀察到高值，這包括子宮頸癌、膀胱癌、大腸結腸癌、肝細胞肺癌、乳癌、子宮癌。但是良性肺部疾病也有16 %的陽性率，慢性肝炎、肝硬化、慢性腎衰竭、胃潰瘍也有個案超過參考區間。

非特異性之癌標幟，高陽性率，良性炎症也有高陽性率，可作再發預知及治療效果指標。

上升於胃癌，肝細胞癌，胰臟癌，肺癌，乳癌，子宮頸癌，卵巢癌，膀胱癌。

也上升於良性疾病：急性B型肝炎，慢性肝炎，肝硬化，感染，冷凝球蛋白症。

β2-Microglobulin會出現在正常人的血清及尿液中，它很容易便能通過腎絲球膜，並於近端腎小管再吸收及分解。近端腎小管功能不良會導致尿液中的β2-Microglobulin濃度升高，因此可用來區分近端腎小管或腎絲球方面的腎臟疾病。
血清β2-Microglobulin濃度在發炎疾病（如類風濕性關節炎、全身性紅斑性狼瘡、Sjögren’s症候群及Crohn’s症候群）及淋巴增生疾病（如多發性骨髓瘤、β細胞骨髓瘤及慢性淋巴性白血病）中經常有升高的情形，代表合成速率增加。腎功能不全也會使得β2-Microglobulin的清除速率減少而使其血清濃度升高。β2-Microglobulin血清濃度的測量值可作為腎絲球功能不良的嚴重度指標。亦可用於監測腎臟移植之排斥現象。β2-Microglobulin可作為腎臟機能―腎絲球過濾速率(GFR)良好的指標。

IgA出現於第一次感染，病毒活化，協助診斷鼻咽癌之抗體。

IgG出現於症狀後4-8天，能終身存在，比EBNA IgG抗體敏感

EB經由飛沫感染，潛伏期4-8週，症狀出現後早期發展的抗體。IgM表示第一次感染，抗體維持2-4個月，相對應EA抗體。

Nuclear Ag之IgG抗體在回復期才出現，終身存在。當EB VCA IgM陽性時，如果EB NA-1 IgG陰性，可以確定為急性感染。通常EBNA試劑是使用EBNA-1作為抗原。

IgG出現於症狀後4-8天，能終身存在，比EBNA IgG抗體敏感。

EB抗體上升在感染性單核球增多症(Infectious Mononucleosis，IM )及鼻咽癌(Nasopharyngeal Carcinoma，NPC)。Burkitt’s lymphoma協助診斷、Hodgkin’s disease、Leukemia，抗體上升代表危險性高、也與Kawasaki disease有關。

EB經由飛沫感染，潛伏期4-8週，症狀出現後早期發展的抗體。IgM表示第一次感染，抗體維持2-4個月，相對應EA抗體。